Bp Jan Wątroba urodził się 4 grudnia 1953 r. w Wieluniu. Pochodzi z parafii pw. św. Piotra w Okowach w Białej k. Wielunia. Do szkoły podstawowej uczęszczał w swojej rodzinnej miejscowości i ukończył ją w 1968 r. W latach 1968-1972 był uczniem Liceum Ogólnokształcącego im. Tadeusza Kościuszki w Wieluniu. Studia filozoficzno-teologiczne, z dwuletnią przerwą na służbę wojskową w Bartoszycach, odbywał w Częstochowskim Wyższym Seminarium Duchownym w Krakowie w latach 1972-1979. Święcenia kapłańskie przyjął 27 maja 1979 r. w katedrze częstochowskiej św. Rodziny z rąk bp. Stefana Bareły, trzeciego ordynariusza częstochowskiego.

Po święceniach kapłańskich przez dwa lata pracował jako wikariusz w parafii Wieruszów. W 1981 r. wyjechał do Rzymu, gdzie Fundacja Jana Pawła II powierzyła mu troskę duszpasterską nad pielgrzymami polskimi. Pełnił tę posługę przez cztery lata w Centro Pastorale "Corda Cordi". Jednocześnie podjął studia na Uniwersytecie Laterańskim, na którym w 1985 r. uzyskał stopień licencjata teologii. W 1985 r. biskup częstochowski Stanisław Nowak powierzył mu funkcję swojego sekretarza i kapelana, którą pełnił przez 9 lat. W tym czasie był także sekretarzem Wydziału Duszpasterstwa Kurii Diecezjalnej oraz rzecznikiem prasowym kurii. W ramach „Tirocinium pastorale” pełnił obowiązki ojca duchownego młodych kapłanów.

W 1994 r. ks. Jan Wątroba został mianowany rektorem Wyższego Seminarium Duchownego w archidiecezji częstochowskiej. W tym samym roku został odznaczony godnością kanonika gremialnego Kapituły Archikatedralnej. W 1999 r. na Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie uzyskał stopień doktora teologii w zakresie teologii duchowości, na podstawie rozprawy nt. "Permanentna formacja duchowa kapłanów w świetle soborowych i posoborowych dokumentów Urzędu Nauczycielskiego Kościoła (1963-1994), napisanej pod kierunkiem ks. prof. Stanisława Urbańskiego.

W styczniu 2000 r. został odznaczony godnością Kapelana Jego Świątobliwości.

Jan Paweł II 20 kwietnia 2000 r. mianował go biskupem pomocniczym archidiecezji częstochowskiej, oraz biskupem tytularnym Bisica. Bp Jan Wątroba był konsekrowany 20 maja 2000 r. w archikatedrze Świętej Rodziny. Głównym szafarzem święceń był abp Stanisław Nowak, metropolita częstochowski, współkonsekratorami byli: abp Józef Życiński, metropolita lubelski, i biskup pomocniczy częstochowski Antoni Długosz.